1. Microbiologia de Alimentos - Trabalhos que envolvem microrganismos associados aos alimentos: crescimento, identificação, biossíntese, controle, interação com o hospedeiro, genética, produção de toxinas, qualidade e segurança dos alimentos.
2. Microbiologia Ambiental - Trabalhos que envolvem crescimento, desenvolvimento, comportamento e ecologia de microrganismos em geral. Trabalhos que envolvem ecologia de comunidades variadas de microrganismos e métodos laboratoriais para estudos do microrganismo em seu ambiente natural, tais como: água, solo e em animais superiores. Trabalhos que envolvem microbiologia aplicada e do meio ambiente: desinfecção, microbiologia de águas e de esgotos, biodegradação, corrosão, interação microbiana com metais.
3. Microbiologia Clinica e Infecção Hospitalar - Trabalhos que envolvem métodos diagnósticos, isolamento, identificação, caracterização e testes de sensibilidade de patógenos clinicamente significantes ou de seus produtos que possam ser utilizados para o diagnóstico, por exemplo, toxinas, antígenos, ácidos nucléicos. Utilização de anticorpos, antígenos e procedimentos diagnósticos na caracterização do sistema imune do hospedeiro. Diagnóstico imunológico: significância, interpretação e limitações dos ensaios para o diagnóstico.
4. Coleções de Culturas - Coleções de culturas contribuem para o desenvolvimento científico e tecnológico, através da realização de atividades especializadas de serviço e suporte científico em microbiologia básica e aplicada, incluindo a preservação.
5. Ensino - Trabalhos que envolvem educação em microbiologia em todos os níveis, incluindo ensino fundamental e médio, superior e pós-graduação.
6. Genética de Microrganismos e Bioinformática - Trabalhos que envolvem estudos genéticos e moleculares de regulação e detalhes de mecanismos de transcrição, translação e replicação de sistemas microbianos. Trabalhos que envolvam diversidade, desenvolvimento de ferramentas conceituais, laboratoriais e de bioinformática necessárias para a caracterização e compreensão da evolução genética e de microrganismos.
7. Microbiologia Industrial - A maioria das atuais aplicações biotecnológicas é de origem microbiana. Portanto, o conhecimento sobre novos microrganismos e/ou informações genômicas, ou de suas comunidades, representam grande potencial para proporcionar à indústria novos produtos e processos microbianos.
8. Microbiologia Médica - Trabalhos que envolvem microrganismos e vírus e suas doenças: pesquisas, diagnóstico e saúde pública. Trabalhos que envolvem bioquímica, biologia molecular, genética, morfogênese, patogenicidade, epidemiologia, e taxonomia.
9. Micologia - Trabalhos que envolvem fungos e suas doenças: pesquisas, diagnóstico e saúde pública. Trabalhos que envolvem bioquímica, biologia molecular, genética, morfogênese, patogenicidade, epidemiologia, e taxonomia de fungos, especialmente de fungos de importância clínica para o homem e animais.
10. Relação Parasito-Hospedeiro - Trabalhos que envolvem genética, bioquímica e fatores de virulência (incluindo toxinas, adesão, invasão, imunossupressão, e outros). Fatores do hospedeiro no processo infeccioso. Trabalhos que envolvem imunidade às bactérias, fungos, parasitas e vírus. Mecanismos celular e molecular da imunidade celular e humoral, células fagocitárias e defesas constitutivas do hospedeiro. Citocinas, imunomodulação por microrganismos, produtos microbianos e por outros fatores (estresse, nutrição, etc), adjuvantes e desenvolvimentos de vacinas.
11. Microbiologia do Solo - Trabalhos que envolvem ecologia de comunidades variadas de microrganismos e métodos laboratoriais para estudos do microrganismo do solo. Trabalhos que envolvem microbiologia aplicada e do meio ambiente: desinfecção, microbiologia de águas e de esgotos, biodegradação, corrosão, interação microbiana com metais.
12. Microbiologia Veterinária - Trabalhos que envolvem aspectos das doenças infecciosas de animais e seus microrganismos (controle, tratamento, diagnóstico, sensibilidade aos agentes antimicrobianos, estudos epidemiológicos e de vigilância). Novas tecnologias para reduzir as zoonoses. Imunologia e patogenicidade.
13. Virologia - Trabalhos que envolvem vírus DNA e RNA de importância médica humana e veterinária.
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